故事的設定是在一場警察無法應對的世界范圍內的治安危機當中，產生了一種在法律限制內解決個人或組織的委托以彌補警察不足的職業——武偵。而在專門培養武偵的特殊學校東京武偵高中里，偵探科二年級的男主角・遠山金次，因為擁有某種神祕體質，在某種契機之下會讓大腦細胞活性化。